* Статистика обновляется по окончанию сезона

Клубная карьера

Хэйес — воспитанник английского клуба «Рединг». Для получения игровой практики он на правах аренды играл за «Форест Грин Роверс» и «Милтон Кинс Донс». В 2007 году Джонатан перешёл в «Лестер Сити», но также не смог закрепиться в составе и на правах аренды играл за «Нортгемптон Таун» и «Челтнем Таун». В 2009 году Хейз присоединился к шотландскому «Инвернесс Каледониан Тисл». 8 августа в матче против «Данфермлин Атлетик» он дебютировал в шотландском Чемпионшипе. 29 августа в поединке против «Росс Каунти» Джонни забил свой первый гол за «Инвернесс». По итогам дебютного сезона Хэйес помог клубу выйти в элиту. 14 августа 2010 года в матче против «Селтика» он дебютировал в шотландской Премьер-лиге. Летом 2012 года Джонни перешёл в «Абердин». 4 августа в матче против «Селтика» он дебютировал за новый клуб. 18 августа в поединке против «Сент-Джонстона» Хэйес забил свой первый гол за «Абердин». В 2014 году он помог команде выиграть Кубок шотландской лиги. Летом 2017 года Хэйес присоединился к «Селтику», подписав контракт на три года. Сумма трансфера составила 1 млн. евро. 5 августа в матче против «Харт оф Мидлотиан» он дебютировал за новую команду.

Карьера в сборной

25 марта 2016 года в товарищеском матче против сборной Швейцарии Хэйес дебютировал за сборную Ирландии.